“2040 yılına kadar, yapay zeka ile tasarlanmış bir dizi yeni ilacın hastalara ulaştığını görmeyi umuyoruz.”
Yıl 2040. Doktorunuzun muayenehanesindesiniz ve az önce amcanızı öldüren hastalık için yapılan test pozitif çıktı. Sadece 10 yıl önce bu haber yıkıcı olabilirdi, ancak bu varsayımsal gelecekte doktorunuz Google sayesinde oldukça etkili bir tedavi önerebiliyor.
Yapay zeka ile ilaç keşfetmek
Google bugün tıpla pek ilişkilendirilmiyor olabilir (“Dr. Google” ile yapılan şüpheli görüşmeler bir yana), ancak teknoloji devi, bugün tedavi edilemeyen sayısız durum için etkili ilaçlara sahip olduğumuz bir geleceğe giden yolda bizi başlatabilecek bir yapay zeka olan AlphaFold 3’ü tanıttı.
Nasıl olduğunu öğrenmek için geçmişe hızlı bir adım atalım ve bu trendlerin bizi gelecekte nereye götürebileceğini görelim.
Nerede kalmıştık
Nereye gidiyoruz (belki)
Mayıs 2024’te DeepMind – artık “Google DeepMind” olarak anılıyor – hem proteinlerin hem de DNA ve RNA gibi protein olmayan moleküllerin yapısını ve bu moleküllerin birbirlerine nasıl bağlanacağını tahmin edebilen AlphaFold 3’ü tanıttı.
Yeni aracın zaman çizelgesinde bir sonraki aşamayı nasıl etkileyebileceğini söylemek için henüz çok erken, ancak çeşitli molekülleri ve bunların etkileşimlerini hızlı bir şekilde modelleme yeteneği, şu anda tamamlanması yaklaşık 6 yıl süren ilaç geliştirmenin klinik öncesi aşamasını hızlandırabilir. Hatta klinik deneylere ulaşan ilaçların başarı oranını bile artırabilir – bugün bunların %90’ı başarısız oluyor.
2021’de DeepMind’dan ayrılan bir ilaç keşif şirketi olan Isomorphic Labs’ın baş yapay zeka sorumlusu Max Jaderberg Freethink’e yaptığı açıklamada, “AlphaFold olmasaydı, bir kimyagerin tek bir yapı elde etmek için deneysel kristalografiye veya CryoEM’e daha fazla güvenmesi gerekirdi ki bu aylar hatta yıllar alabilir ya da tasarım için şablon olarak farklı bir küçük molekülle mevcut bir yapıyı kullanması gerekirdi ki bu da farklı moleküllerle yapıdaki ince ama önemli değişiklikleri yakalayamazdı” dedi.
“Şimdi AlphaFold 3 ile, hastalıkta rol oynayan proteinlerin hücrenin diğer unsurlarıyla nasıl etkileşime girdiğini daha iyi anlıyor ve işlevlerini modüle edecek ilaç molekülleri tasarlıyoruz” diye devam etti.
Isomorphic de AlphaFold 3’ü kullanmak için zaman kaybetmiyor.
2024 yılının başlarında, iki büyük ilaç şirketinin – Eli Lilly ve Novartis – açıklanmayan birçok hastalık için tedaviler keşfetmesine yardımcı olmak üzere milyonlarca dolarlık anlaşmalar imzaladığını duyurdu. Şirket kendi ilaçlarını da kendi bünyesinde geliştiriyor ve bu hedefleri henüz açıklamamış olsa da Jaderberg Freethink’e şirketin onkoloji ve immünolojiye odaklandığını söyledi.
AlphaFold 3, Google DeepMind’ın kullanımını kısıtlaması nedeniyle ilaç keşfi üzerinde olabildiğince büyük bir etkiye sahip olmayabilir: Şirket, AlphaFold 2’nin kaynak kodunu yayınlayarak, ticari olsa bile başkalarının aracı kendi araştırmaları için kullanmasına izin verirken, AlphaFold 3’ü başlangıçta açık kaynaklı hale getirmedi.
Bunun yerine, yapay zekayı ticari kullanımı yasaklayan ve kullanıcıların hangi molekülleri deneyebileceklerini ve günde kaç tahmin yapabileceklerini sınırlayan AlphaFold Sunucusu aracılığıyla araştırmacıların kullanımına sundu.
Finansal açıdan bakıldığında bu karar mantıklı.
AlphaFold 2, Isomorphic Labs’in duyurusundan önce piyasaya sürüldü ve Google DeepMind’ın amacı ilaç keşfi yoluyla para kazanmaya başlamaksa, ticari girişiminin üzerine inşa edildiği teknolojinin en son sürümünü vermek muhtemelen en iyi fikir olmayacaktır.
Google DeepMind’ın yapay zeka bilimi başkanı Pushmeet Kohli 8 Mayıs’ta Nature’a verdiği demeçte, “Bunun [AlphaFold 3] erişilebilir olmasını ve bilim camiasında etki yaratmasını sağlamak ile Isomorphic’in ticari ilaç keşfi yapma kabiliyetinden ödün vermemek arasında bir denge kurmak zorundayız” dedi.
Ancak bilim camiası kodun saklanmasından memnun değildi – Nature dergisinde AlphaFold 3 ile ilgili bir makalenin yayınlanmasından kısa bir süre sonra, birkaç araştırmacı kararı kınayan açık bir mektup paylaştı.
Mektup yüzlerce imza topladı ve 13 Mayıs’ta Jaderberg, Google DeepMind’ın AlphaFold 3 kodunu altı ay içinde akademik kullanım için yayınlamak üzere çalıştığını tweetledi.
MIT’de evrimsel biyolog olan Sergey Ovchinnikov’a göre, Google DeepMind Nature makalesinde başkalarının sistemi yeniden yaratabilmesine yetecek kadar ayrıntıya yer verdi.
Ovchinnikov Nature’a verdiği demeçte “Yıl sonundan önce açık kaynaklı çözümler bekliyorum” dedi.
“2040 yılına kadar, yapay zeka ile tasarlanmış bir dizi yeni ilacın hastalara ulaştığını görmeyi umuyoruz.” -MAX JADERBERG
Sonuç olarak, bilim camiası AlphaFold’un en son sürümüne erişim açısından bundan böyle Isomorphic’in biraz gerisinde kalabilir. Ancak, yapay zekanın tahminleri gerçek hücrelerde, gerçek bileşiklerde ve en önemlisi şu anda ortalama 5-6 yıl süren klinik deneylerde test edildiğinde tutmazsa (yapay zeka bunları da hızlandırıyor olabilir) bunun bir önemi olmayacaktır.
Bu da AlphaFold 3’ün ilaç keşfine yönelik geleneksel yaklaşımlarda bir gelişme olup olmadığını muhtemelen birkaç yıl boyunca bilemeyeceğimiz anlamına geliyor – ancak eğer öyleyse, tıpta yeni bir çağın doğuşuna tanık olabiliriz; bizi sağlıklı tuttuğu için Google’a gerçekten teşekkür etmemiz gereken bir çağ.
Jaderberg, “2040 yılına kadar, yapay zeka ile tasarlanmış bir dizi yeni ilacın hastalara ulaştığını görmeyi umuyoruz” dedi. “AlphaFold 3 bu hedefe doğru atılmış kritik bir adımdır.”
*Bu yazı How Google’s new AI could revolutionize medicine başlıklı yazıdan çevrilmiştir.
